Клуб «Санта-Рита» основан в 1914 году в городе Боа-Виста штата Пернамбуку, Бразилия. Считается старейшей футбольной командой на севере Бразилии. В 1945 году команда выиграла региональный турнир, который дал ей право участвовать в первых розыгрышах бразильской Серии A, высшего дивизиона. «Санта-Рита» играла в Серии A в течение одного сезона, и после того, как финишировала последней в лиге, вылетела обратно в региональную лигу.

После 1946 года команда выступала в региональных лигах. В сезоне 1965 года выиграла региональный чемпионат и вышла в Серию В, бразильский второй дивизион. В Серии В команда играла 12 лет, до сезона 1976 года, ни разу не поднимаясь в высший дивизион. С тех пор «Санта-Рита» не играла выше Серии С, третьего дивизиона. В 2005 и 2016 годах команда выигрывала Серию С и получала право играть на следующий год в Серии B, но оба раза вылетала обратно в третий дивизион после одного сезона.

«Санта-Рита» 29 раз выиграла чемпионат штата Пернамбуку, что является вторым лучшим показателем среди всех команд штата после «Спорт Ресифи», у которого 40 титулов. В 1929 и 1930 годах команда выигрывала Кубок Северной Бразилии. В 1997 году «Санта-Рита» стала полуфиналистом Кубка Бразилии, это наивысшее достижение команды в этом турнире.

«Санта-Рита» проводила домашние матчи на стадионе «Илдеран Санта-Рита» в городе Боа-Виста, который вмещает 12 000 зрителей. Но в 2019 году стадион был закрыт для реконструкции. Теперь команда проводит свои домашние матчи на стадионе «Манэй Гама» в городе Крус-ду-Эспириту-Санту.