Команда «Форталеза» была основана 28 мая 1921 года под названием «Спортивный клуб Форталеза». Команда была создана сотрудниками хлопчатобумажной фабрики «Форталеза». В то время большинство сотрудников фабрики были англичанами, поэтому решено было создать свою футбольную команду, название которой было позаимствовано у одноимённой фабрики. Слово «форт» происходит не от португ. forte — крепость, а от слова «фортнайт» (англ. fortnight — две недели), которое показывало интервал между матчами. Цветом клуба стал синий, который был выбран из-за того, что в городе Форталеза было много представителей ВМФ.
С момента основания, «Форталеза» выступала во второй лиге чемпионата штата Сеара, второй по значимости лиге штата. Лишь в 1941 году клуб из Форталезы смог выйти в первую лигу штата. Самое большое достижение в Лиге Сеаренсе — четыре подряд чемпионских титула в 1946, 1947, 1948 и 1949 годах. В общей же сумме «Форталеза» выиграла 42 региональных чемпионата, что является рекордом штата.
Первое выступление клуба из Форталезы на национальном уровне состоялось в 1960-х годах. В 1960 году «Форталеза» впервые участвовала в чемпионате Серии А, в котором заняла 14-е место. В 1968 году клуб занял в чемпионате 2-е место, отстав на 5 очков от «Ботафого» из Рибейран-Прету. В 1971 году «Форталеза» в последний раз принимала участие в чемпионате Серии А. В 1972 году был проведён переходный чемпионат между третьим и четвёртным дивизионами чемпионата, в котором «Форталеза» заняла первое место и осталась в Серии С.
С 1979 по 1985 год клуб из Форталезы не участвовал в национальных чемпионатах, выступая лишь в лиге Сеаренсе. Вернувшись в чемпионат в 1986 году, «Форталеза» играла в Серии А до 1993 года, когда впервые в своей истории выбыла в Серию B. В общей сумме «Форталеза» провела 14 сезонов в Серии А, в 23-х сезонах играла в Серии B и в 1 сезоне выступала в Серии C.
В 2005 и 2009 годах «Форталеза» смогла дойти до финала Кубка Северо-востока, но оба раза в решающем матче уступала клубу «Спорт Ресифи». В 2019 году «Форталезе» удалось выиграть Кубок Северо-востока, победив в финале «Ботафого» из Жоан-Песоа со счётом 1:0. В Кубке Граждан, который разыгрывается только среди команд трёх штатов Северного региона — Мараньяна, Пиауи и Сеары — «Форталеза» участвовала 21 раз, победив в турнире в 1987, 1990, 1992 и 2019 годах. В 2015 году «Форталеза» дошла до финала Кубка Граждн, но уступила «Шапекоэнсе» со счётом 0:1.
«Форталеза» также является участником международных турниров. В 1978 году клуб из Форталезы участвовал в Кубке Либертадорес (попал в турнир как победитель Кубка Гранде-Офисиале Ассоциации Сеаренсе). Команда «Форталеза» дошла в турнире до полуфинала, где уступила парагвайскому клубу «Олимпия». В 2016 году «Форталеза» приняла участие в Южноамерикаском кубке, в котором уступила во 2-м раунде аргентинскому клубу «Индепендьенте».
В 2021 году «Форталеза» выиграла Серию B и напрямую пробилась в Серию A.