ФК «УДС» основан в 1990 году в Москве.

Клуб находится под руководством ДЮСШ «УДС» и выступает в 3-м дивизионе первенства России по футболу.

Проводит домашние матчи на стадионе «УДС» на Минской улице в районе Северное Бутово города Москвы.

В 1994 году команда стала чемпионом Москвы, заняв 1 место в Первой лиге города.

В 2002 году команда заняла 2 место во Втором и вышла в первый дивизион. В следующем году команда заняла 14 место и вылетела во второй дивизион, где выступала по 2006 год.

В 2007 году команда становится победителем зоны «Центр» второго дивизиона, в 2009 году впервые в истории лидировала в первенстве, но из-за решения РФС не смогла выйти в ФНЛ.

В 2010 году команда заняла 2 место в первенстве второго дивизиона, получив право выхода в ФНЛ, однако из-за недостаточного финансирования остался во втором дивизионе.

В 2013 году команда заняла 1 место в зоне «Центр» второго дивизиона и вышла в ФНЛ.

В 2014 году команда заняла 8 место в ФНЛ, в следующем году — 9 место.

В 2016 году команда заняла 16 место в ФНЛ и вылетела во второй дивизион.

В 2017 году команда заняла 7 место во втором дивизионе.

В 2018 году команда заняла 9 место во втором дивизионе.

В 2019 году команда заняла 3 место во втором дивизионе.