Футбольная команда «Интер-Альфа» была основана в 1985 году в городе Москва. Команда выступает в любительской лиге чемпионата России по футболу.

В 1990-е годы «Интер-Альфа» была одной из сильнейших любительских команд России. В 1992 году команда стала чемпионом России среди любителей, а в 1993 году выиграла Кубок России среди любителей.

В 1994 году «Интер-Альфа» получила профессиональный статус и была включена в состав третьей лиги чемпионата России по футболу. В 1997 году команда заняла первое место в третьей лиге и получила право выступать во второй лиге.

В 2000 году «Интер-Альфа» заняла первое место во второй лиге и вышла в первый дивизион. В первом дивизионе команда выступала в течение одного сезона, после чего вернулась во вторую лигу.

В 2004 году «Интер-Альфа» была расформирована.

В 2015 году команда была воссоздана. В настоящее время «Интер-Альфа» выступает в любительской лиге чемпионата России по футболу.

Домашний стадион команды — стадион «Локомотив» в Москве.

Цвета команды — красно-белые.

Главный тренер команды — Сергей Подпалый.