Футбольный клуб "Аполло" из Москвы был основан в 2010 году группой энтузиастов, которые хотели создать команду, которая могла бы выступать на профессиональном уровне. Команда быстро набирала обороты и уже в 2012 году вышла в Первую лигу. В сезоне 2014/15 "Аполло" занял второе место в Первой лиге и вышел в Премьер-лигу.

В Премьер-лиге "Аполло" выступал в течение трех сезонов. В сезонах 2015/16 и 2016/17 команда занимала 10-е место, а в сезоне 2017/18 заняла 9-е место. В Кубке России "Аполло" дважды выходил в полуфинал, в сезонах 2015/16 и 2016/17.

В 2018 году "Аполло" был расформирован из-за финансовых проблем. Команда была лишена профессионального статуса и начала выступать в любительских лигах.

В 2020 году "Аполло" был возрожден группой новых инвесторов. Команда начала выступать в Третьей лиге и в сезоне 2021/22 заняла 1-е место в своей группе. В сезоне 2022/23 "Аполло" будет выступать во Второй лиге.

Главным тренером "Аполло" является Сергей Юран. В команде выступают такие игроки, как Александр Соболев, Александр Кокорин и Федор Чалов.