Футбольный клуб «Мааликооли» был основан в 1998 году в городе Йыхви, Эстония. Команда выступала в высшем дивизионе чемпионата Эстонии с 2000 по 2007 год, но затем была переведена во второй дивизион из-за финансовых проблем. В 2010 году «Мааликооли» вернулась в высший дивизион, но заняла последнее место и снова вылетела во второй дивизион. В 2013 году команда снова вышла в высший дивизион, но снова вылетела после одного сезона. В настоящее время «Мааликооли» выступает во втором дивизионе чемпионата Эстонии.

Лучшим достижением «Мааликооли» в чемпионате Эстонии является 4-е место в 2002 году. Команда также выигрывала Кубок Эстонии в 2003 году.

В составе «Мааликооли» выступало несколько известных эстонских футболистов, в том числе:

* Андрес Опер
* Мартин Рейм
* Райо Пийроя
* Таави Ряхн
* Эрол Эстола

«Мааликооли» является одним из самых популярных футбольных клубов в Эстонии. Команда имеет большую армию болельщиков, которые поддерживают ее как на домашних, так и на выездных матчах.