Футбольный клуб «Эребуни» был основан в 1992 году в городе Ереване, Армения. Команда названа в честь древней армянской крепости Эребуни, которая была построена в 782 году до нашей эры на территории современного Еревана.

«Эребуни» выступает в Премьер-лиге Армении, высшем дивизионе армянского футбола. За свою историю клуб трижды становился чемпионом Армении (в сезонах 1995-96, 1996-97 и 2003), трижды выигрывал Кубок Армении (в сезонах 1994-95, 1995-96 и 2004) и дважды — Суперкубок Армении (в 1996 и 2004 годах).

В еврокубках «Эребуни» дебютировал в сезоне 1995-96, когда принял участие в Кубке обладателей кубков. В первом раунде турнира команда уступила румынскому клубу «Национал» Бухарест с общим счетом 0-2. В следующем сезоне «Эребуни» выступил в Кубке УЕФА, где в первом раунде обыграл молдавский клуб «Конструкторул» Кишинев с общим счетом 5-2, но во втором раунде уступил немецкому клубу «Кайзерслаутерн» с общим счетом 0-8.

В последние годы «Эребуни» испытывает финансовые трудности, из-за чего команда несколько раз была на грани расформирования. В сезоне 2019 года клуб не смог заявиться на участие в Премьер-лиге и был вынужден выступать во втором дивизионе, Первой лиге Армении. В сезоне 2020 года «Эребуни» занял первое место в Первой лиге и вернулся в Премьер-лигу.

Домашние матчи «Эребуни» проводит на стадионе «Раздан», вмещающем 54 208 зрителей.