Футбольный клуб "АД Комплутенсе Алкала" был основан в 1979 году в городе Алкала-де-Энарес, Испания. Долгое время команда выступала в региональных лигах, пока в 2011 году впервые не вышла во Второе дивизион B, третий по силе дивизион испанского футбола. В сезоне 2013/14 "АД Комплутенсе Алкала" стала победителем своей группы во Втором дивизионе B и получила право на участие в плей-офф за выход в Сегунду, второй по силе дивизион Испании. Однако в решающем матче команда уступила "Барселоне Б" и осталась в третьем дивизионе.

В последующие годы "АД Комплутенсе Алкала" продолжала выступать во Втором дивизионе B, занимая преимущественно места в середине турнирной таблицы. В сезоне 2018/19 команда заняла третье место в своей группе и вновь вышла в плей-офф за выход в Сегунду, но снова потерпела неудачу, на этот раз уступив "Леганесу Б".

В настоящее время "АД Комплутенсе Алкала" продолжает выступать во Втором дивизионе B. Домашние матчи команда проводит на стадионе "Сьюдад Депортива Депортес Университарио" в Алкале-де-Энарес. Главным тренером команды является Рубен де ла Ред, а капитаном - Хавьер Фернандес.