Клуб «Керетаро» был основан 5 июля 1950 года. Название было дано в честь родного города команды. Первый официальный матч «Керетаро» провел только через 8 лет — в 1958 году. Первый свой сезон команда завершила на предпоследнем месте, а в следующем получила повышение в классе и стала выступать в сильнейшем дивизионе чемпионата Мексики.

В 1970-е годы «Керетаро» был одной из сильнейших команд Мексики и регулярно участвовал в международных соревнованиях. Клуб доходил до полуфинала Кубка обладателей кубков КОНКАКАФ и финала Лиги чемпионов КОНКАКАФ. В 1974 году он стал первым мексиканским клубом, дошедшим до полуфинала Копа Либертадорес.

В 1980-е годы «Керетаро» начал испытывать финансовые трудности и стал одним из слабейших клубов Мексики. В 1986 году он выбыл во второй дивизион, а в 1990 году — в третий. С 1995 года клуб выступает во втором дивизионе чемпионата Мексики.

В 2011 году «Керетаро» стал победителем турнира Апертура второго дивизиона и получил право выступать в Лиге МХ. В своем первом сезоне в сильнейшем дивизионе чемпионата Мексики клуб занял 13-е место.

В 2016 году «Керетаро» впервые в своей истории стал чемпионом Мексики. В финале Апертуры команда обыграла «Монтеррей» со счетом 3:0.

«Керетаро» выступает на стадионе «Коррехидора», вмещающем 35 000 зрителей.